drugie jest pytaniem pośrednim, ale pierwsze nie, bo w ogóle nie jest pytaniem, tylko prośbą/poleceniem: dlatego nie ma tam znaku zapytania
natomiast szyk jest ten sam: John took it. John turned it off.
W obu twoich zdanianiach "who" zastępuję podmiot, czyli wykonawcę czynności, czyli Johna z moich zdań.
Cytat:
Chodzi mi o to dlaczego nie ma Do you know who it turned off?
Bo to by nie było pytanie o podmiot, tylko pytanie o dopełnienie:
It turned off John. (it = podmiot, John = dopełnienie)
Who did it turn off? (pytanie bezpośrednie, who = zastępuje dopełnienie)
Do you know who it turned off? (pytanie pośrednie)
Ask him who it turned off. (prośba)
(Samo zdanie nie ma sensu bez kontekstu, ale dobrze ilustruje problem)
Cytat:
dlaczego nie ma Ask her who it took.
No właśnie jest, i to jest poprawne.
te też są:
What are you doing?
Could you tell me what you're doing?
Tell me what you are doing.