Normalnie "Where were you yesterday".
"Where have you been" używa się zazwyczaj jeżeli ma to dla nas duże znaczenie dla tego, co się dzieje teraz: "Where have you been? I have been looking for you". Co do zasady nie używamy czasu present perfect wtedy, kiedy wydarzenie miało miejsce w określonej przeszłości i już nie jest ważne, bo nie ma bezpośrednich skutków dla teraz.
Z tego względu raczej nie używałabym go pytając o konkretną przeszłość. Mogę sobie wyobrazić sytuację, w której dla kogoś jest _teraz_ bardzo ważne gdzie byłam wczoraj, ale to rzecz raczej nietypowa.
Pozdrawiam
J.